Duhovna i pastoralna formacija studenata odvija se dijelom u Kolegiju, dijelom u matičnoj biskupiji, kao i na drugim prikladnim mjestima u Italiji ili u domovini. Zbog činjenice da se pastoralna situacija i koncepti formiranja u različitim matičnim zemljama i biskupijama uvelike razlikuju jedni od drugih, svaki pojedini student mora obratiti pozornost na ono što mu je potrebno.
Stažiranja
Tijekom osnovnog studija, odnosno tijekom 1. ciklusa teologije, studenti bi, u dogovoru s rektorom ili mjesnim rekotorom, tijekom studija u Rimu ili tijekom velikih ferija kod kuće, trebali preuzeti praksu u različitim područjima: npr. u dijakonalnim ustanovama, u župi, industrijskom i radnom svijetu, u radu s mladima itd.
Pastoralni tečajevi s vježbama nadopunjuju program akademske izobrazbe tijekom akademske godine: u Kolegiju se održavaju tečajevi o formiranju glasa i usavršavanju govorne vještine, , homiletici, uvod u liturgijsku službu đakona i svećenika, ispovjedni casusi, i naknadna anliza propovijedi.
Osim toga, postoje tečajevi o razvoju osobnosti, kao što je tečaj o celibatu i zlostavljanju.
Nakon završetka osnovnog studija s “diplomom teologije”, sjemeništarci obično provode pastoralnu ili đakonsku godinu u svojoj matičnoj biskupiji. U nekim biskupijama kandidati će tijekom ove godine biti zaređeni za đakonat i zaređeni za svećenike u Rimu na početku ili tijekom studija licencijata, dok je u drugim biskupijama postalo uobičajeno primati đakonsko ređenje u Rimu i svećeničko ređenje u matičnoj biskupiji.
Formacija u kolegiju “Pontificium Collegium Germanicum et Hungaricum” je uredena prema kontinuiranoj integraciji cjelokupnog izgradivanja, duhovnog rasta, znanstvene kompetencije i pastoralnih sposobnosti.