Od svog osnutka 1552. godine odgovornost za Germanicum povjerena je Družbi Isusovoj. U skladu s tim, vodstvo kolegija povjereno je vrhovnom generalu Isusovačkog reda, kojeg u svojim dužnostima zastupa delegat. Delegat ima godišnji posjet Kolegiju. Rektora Kolegija imenuja otac General, dok delegat imenuje ostalo osoblje u vodstvu kolegija (P. Minister, Ekonom, Prefekt studija), patra duhovnika i ostale isusovce koji rade u Kolegiju. Trenutno su u Kolegiju aktivni sljedeći isusovci:
Otac Gernot Wisser DI
Rektor
P. Gernot Wisser SJ snosi izravnu odgovornost za upravljanje Kolegijem i za ekonomsku upravu i donosi potrebne odluke. Za pitomca predstavlja domaćeg biskupa i tako preuzima odgovornost za cijeli njegov obrazovni put.
Rođen 1956. godine, odrastao je u Beču, tamo studirao arhitekturu i radio na tom području 6 godina. Od 1986. studira teologiju u Beču, a zatim u Rimu kao sjemeništarac na Germanicum et Hungaricum. Nakon svećeničkog ređenja, ušao je u isusovački red i obnašao različite dužnosti u Beču. Od 2008. do 2014. bio je provincijal austrijskih isusovaca, zatim studijska godina u Gvatemali i na kraju 6 godina župnik u sveučilišnoj župi u Innsbrucku.
Rektor je Kolegija Kollega od srpnja 2021. godine.
Otac Norbert Frejek DI
Ministar
P. Ministar Norbert Frejek SJ kako se to obično naziva kod isusovaca - odgovoran je za administrativne interese Zavoda i Vile San Pastore. On je nadređeni osoblju Kolegija i kontaktna točka za goste kuće. Kao ekonomist odgovoran je i za ekonomsku upravu Kolegija i Zaklade. Također je odgovoran za pastoralnu skrb u crkvi Santo Stefano Rotondo. P. Frejek rođen je u Zgorzelcu (Donja Šleska) 1974. godine, a u Družbu Isusovu je stupio 1994. godine. Nakon ređenja za svećenika, sedam je godina vodio odgojni centar za mlade u Wrocławu, prekinut diplomom psihologije u Rimu. Od 2015. do 2017. bio je regionalni tajnik za srednjoeuropsku i istočnoeuropsku asistenciju u Generalnoj kuriji isusovaca u Rimu, a od 2017. član je zajednice Kolegija.
Otac Walter Heck DI
Duhovnik
Kao duhovni direktor, P. Walter Heck SJ odgovoran je za program duhovne formacije u Kolegiju, (meditacijski impulsi, predavanja, rasprave, duhovne vježbe) i za osobnu duhovnu pratnju studenata. Rođen u Münchenu 1950. godine, stupio je u Družbu Isusovu nakon što je završio srednju školu. U početku je radio kao kapelan mladih u Münchenu i Nürnbergu; zatim u Leipzigu kao bolnički kapelan; kasnije u sjemeništu Erfurt, također kao duhovni vođa. Od jeseni 2013. preuzeo je istu službu u Germanicum et Hungaricum.
Otac Mihály Szentmártoni DI
Prefekt za studij
P. Mihály Szentmártoni SJ odgovoran je za akademski dio života studenata u Kolegiju. Njegova je zadaća pružanje smjernica za izbor kolegija u prvom ciklusu i za izbor specijalizacije u drugom ciklusu studija, te organizacija jezičnih i pastoralnih tečajeva za studente.
Rođen je 1945. godine u Novom Sadu (Jugoslavija) i materinji mu je mađarski jezik. Godine 1962. stupio je u Družbu Isusovu u Zagrebu (Hrvatska), gdje je studirao filozofiju, teologiju i psihologiju. Od 1991. do 2020. bio je profesor psihologije i duhovnosti na Papinskom sveučilištu Gregoriana.
Svoje poslanje kao prefekt za studij u Kolegiju Germanicum et Hungaricum započeo je 1. veljače 2022.