Antičko podrijetlo
Ova crkva, posvećena prvomučeniku svetom đakonu Stjepanu, potječe iz ranokršćanskog doba i nalazi se na Caeliumu, jednom od najvećih od sedam legendarnih brežuljaka grada Rima. Crkva, kao središnja građevina sagrađena u tri koncentrična kruga, ujedno čini i oblik grčkoga križa. Ovaj način gradnje sličan je bazilici Svetog groba u Jeruzalemu. Upravo zbog ovakvog jedinstvenog oblika, već u 10. st. se smatralo kako je crkva bila hram poganskog boga Fauna ili pak božanskog cara Klaudija. Tada je morala biti posvećena prvomučeniku zasigurno u ranokršćanskom vremenu, slično kao i poznatiji, također krugoliki, Panteon koji se nalazi u unutrašnjosti Rima.
Od antike prema srednjem vijeku
Liber Pontificalis još svjedoči kako je papa Simplicius (468.-483.) dao sagraditi baziliku. Izvorno je bila okićena mozaicima i mramorom. Nažalost, ovi ukrasi su u potpunosti izgubljeni. Sveti Grgur Veliki (papa od 590.-604.) održao je ovdje pojedine propovijedi. U 7. st. u crkvu su prenešene kosti svetih rimskih mučenika Prima i Felicijana iz katakombi koje se nalaze na Via Nomentana. U vanjskome vijencu kružne crkve uređena je raskošna kapela za obojicu mučenika. Ta je kapela u srednjemu vijeku bila važno mjesto za hodočasnike. U razvijenom srednjem vijeku je ova ruševna crkva u velikom stilu arhitektonski preuređena.
Renesansa
Papa Nikola V. (1447.-1455.) htio je da Vječni grad nakon progonstva u Avignon ponovo procvjeta. Iz tog vremena potječu renesansni građenvni dijelovi ove bazilike, poput ulaznog portala i osmerokutni oltarski prostor. On je povjerio crkvu mađarskom pavlinskom redu sa dušebrižničkom zadaćom na nagovor rimskog ispovjednika i prokuratora pavlinskog reda, Kapusija Bálinta, koji je imao dobre odnose sa papom.
Mađarski utjecaj
Glavni oltar je, među ostalim, posvećen mađarskim svecima iz kraljevske obitelji Árpád, svetome Stjepanu (1000./1001.-1038.), prvome mađarskome kralju, zatim krunskome princu Emeriku (+1031.), Stjepanovome sinu te kralju Ladislavu (1077.-1095.). Samostan pokraj crkve bio je između 1454. i 1580. godine rimsko sjedište pavlinskog reda i mjesto pokapanja redovnika.
Propadanje
Poražavanje Mađara od Turaka kod Mohácsa (1529.) i širenje reformacije doveli su pavlinski red u opasnost. Osvajanjem Bude uništen je centar reda u obližnjem Budaszentlorincu. 1580. godine u samostanu u Rimu živio je još samo jedan stari doseljenik.
Utemeljenje kolegija Hungaricum
Bivši pitomac kolegija Germanicum, isusovac István Szántó, došao je na zamisao da na mjestu staroga samostana utemelji Collegium Hungaricum. Taj plan podupirao je i papa Grgur XIII. No, kolegij Hungaricum koji je utemeljen 1579. morao se već sljedeće godine iz novčanih razloga ujediniti sa kolegijem Germanicumom, koji je pak utemeljen 1552. godine.
Ujedinjenje
Tako je 1580. godine nastao Collegium Germanicum et Hungaricum kako bi izgrađivao dobre svećenike za katoličku reformu. Sve do danas bazilika se nalazi u posjedu kolegija. Od 1946. do 1975. Santo Stefano Rotondo bila je titularna crkva Józsefa Kardinala Mindszentya, ostrogonskog nadbiskupa i primasa Mađarske. Od 1985. godine je titularna crkva Friedricha Kard. Wettera, bivšeg nadbiskupa Münchena i Freisinga koji je kao mladi bogoslov bio i sam student u papinskom kolegiju Germanicum et Hungaricum.