La formazione degli alunni del “Pontificio Collegio Germanico ed Ungarico” mira alla contemporanea e continuata integrazione dei seguenti aspetti nella vita di ogni alunno: la maturazione personale, la crescita spirituale, la competenza scientifica e l’abilitazione per il lavoro pastorale. Un aspetto fondamentale di questa formazione è lo studio accademico.

La formazione accademica-intellettuale degli alunni si svolge di solito presso la Pontificia Università Gregoriana. Rispetto ad altre università, lo studio presso la Gregoriana si contraddistingue per il fatto che sia gli studenti come i professori provengono da tutti i parti del mondo. Così si può sperimentare la cattolicità della chiesa in modo conreto. Perquanto ai corsi prescritti, l’insegnamento presso la Gregoriana si svolge in italiano. Altri corsi però possono essere seguiti in una delle lingue ufficiali dell’università; anche gli esami possono essere sostenuti, con il consenso del professore, in una delle lingue dell’università. (latino, inglese, spagnolo, francese, tedesco).

Di solito, dopo il biennio filosofico (che normalmente si assolve nel proprio seminario di appartenenza) segue un triennio di teologia che mira a una introduzione sistematica degli studenti nelle tematiche importanti della teologia. Si conclude questi tre anni con il baccellierato in Teologia. Dopo un anno pastorale nella propria patria o in Italia segue lo studio di licenza che si estende per altrettanto due o tre anni ed è parte integrale dell’itineriario formativo del CGU. A parte della “Gregoriana” a Roma ci sono altre università pontificie e altri atenei che permettono una specializzazione in un campo particolare.