Osservando la situazione religiosa in Germania a metà del 16.mo secolo, alcune autorità della Curia Romana si resero conto che il progresso della Riforma in Germania era dovuto in gran parte al fallimento del clero cattolico, e che il rimedio per superare la crisi della Chiesa riformando il clero non era possibile in Germania con i soli mezzi locali. In collaborazione con Sant’Ignazio di Loyola, il fondatore della Compagnia di Gesù (Ordine dei Gesuiti), il cardinale Morone riuscì a convincere Papa Giulio III a fondare un seminario maggiore a Roma per studenti di lingua tedesca. Il 31 agosto 1552, fu stabilito giuridicamente con la bolla “Dum sollicita il nuovo istituto, chiamato “Collegium Germanicum”, ” e il 28 ottobre 1552 fu ufficialmente aperto.

La direzione della casa fu affidata alla Compagnia di Gesù, da poco fondata, che s’impegnava a realizzarvi la sua concezione di formazione sacerdotale. Vari erano gli obblighi degli studenti del Collegium Germanicum: studi pluriennali, soprattutto teologici, vita religiosa sulla base della spiritualità della Compagnia comprendente un’organizzazione rigorosa della giornata, l’ordinazione sacerdotale, una preparazione al lavoro pastorale e il ritorno in patria dopo gli studi. Questa era una novità straordinaria, visto che la Chiesa dell’Impero fino alla secolarizzazione, avvenuta nel 1803, era soggetta alla nobiltà e da essa governata. Per ottenere una carica ecclesiastica nell’Impero bastava un breve studio – spesso in diritto canonico -, e non era richiesta l’ordinazione sacerdotale. Si trattava soprattutto di occuparsi dell’amministrazione e di mantenere un alto tenore di vita, consono alla nobiltà. Fino alla fine della Chiesa dell’Impero, perciò, la storia del Collegio Germanico è stata caratterizzata dallo sforzo di conservare indenne, per quanto possibile, l’ideale del fondatore nella lotta contro le altre tendenze della Chiesa. In determinati periodi la Compagnia di Gesù non ha potuto – e a volte non ha voluto – evitare di diventare Collegio proprio della nobiltà, dal momento che, per espresso volere della Santa Sede, a partire dalla fine del 16.mo secolo molti potenziali canonici e candidati al vescovado dovevano essere formati nel Collegio per poter poi garantire le strutture ecclesiastiche nell’Impero.

La situazione finanziaria del Collegio fu stabilita solo più tardi, nel 1573, grazie a Papa Gregorio XIII, che affidò vaste proprietà fondiarie al Collegio, in modo che quest’ultimo potesse mantenere un centinaio di studenti senza doverli obbligare a pagare nulla, assicurando così il principio della Compagnia di Gesù di formazione gratuita degli studenti. Nel 1580 lo stesso Pontefice unì il Collegium Germanicum con il Collegium Hungaricum creando il Collegium Germanicum et Hungaricum che esiste ancora oggi come tale. La sua esistenza quindi non è dovuta alla monarchia austro-ungarica. La fusione fu possibile perché il Papa vedeva la Chiesa in entrambi i regni minacciata dalla Riforma e perché voleva dare una formazione a dei sacerdoti affinché potessero diventare degli “intrepidi combattenti per la fede” (come si esprime la bolla di fondazione del Germanico) aprendo così una via per aiutare la Chiesa anche sul territorio ungherese.

La soppressione della Compagnia di Gesù nel 1773 non significò la fine del Collegio. Sotto la direzione di sacerdoti diocesani si poté continuare la formazione di sacerdoti, anche se dall’esterno si manifestavano pericoli per il Collegio. Nel 1781 l’imperatore Giuseppe II, in seguito alle sue disposizioni riguardanti la chiesa di stato, proibì agli studenti del suo territorio lo studio a Roma e il soggiorno nel Collegium Germanicum et Hungaricum. Nel 1798 furono espulsi da Roma gli ecclesiastici stranieri dalle autorità dell’occupazione francese, mettendo così di fatto la parola “fine” all’esistenza del Collegio. Solo a partire dal 1818 fu a poco a poco ripresa l’attività del Collegio e gli studi. Nel 1824 Papa Leone XII riorganizzò il Collegio come istituzione dandogli la struttura che è quella dei nostri giorni. Significativo per il Collegio appena reistituito fu il rapporto con la Compagnia di Gesù, che si fece ancora più stretto. Mentre prima del 1798 erano alcuni cardinali, quali rappresentanti del Papa, ad occuparsi delle varie necessità del Collegio, toccava ora al Superiore Generale della Compagnia di Gesù assumere questa carica. Il nuovo Collegio adesso era molto più vicino alla Compagnia di Gesù, e questo sotto vari punti di vista. La sua nuova sede si trovava infatti in una casa della Compagnia e aveva uno stretto legame con la comunità gesuita, e soltanto a partire dal 1927 nella sede del Collegio non si trova più una comunità della Compagnia.

Nel 19° secolo in Germania e in Austria c’erano notevoli conflitti tra stato e chiesa, tanto da essere definiti dalla voce “Kulturkampf”. Oltre a ciò fu anche varata una legislazione contro i gesuiti. Questa situazione conflittuale di fatto impedì di mandare a Roma i seminaristi perché assolvessero uno studio, fino al punto estremo di pregiudicare o impedire del tutto una loro futura ammissione a molte cariche di una certa importanza. A Roma invece c’era – anche fra gli studenti del Germanico-Ungarico – un certo orgoglio nei confronti della teologia neoscolastica della scuola romana e una forte identificazione degli alunni con il Papa e con la Compagnia di Gesù. Un accordo per la parificazione degli studi del Collegium Germanicum et Hungaricum in Germania fu raggiunto soltanto con i concordati del 20° secolo, grazie ai quali lo Stato tedesco riconobbe il titolo di studi romano come equivalente a quello delle università tedesche. A partire da questo periodo, gli alunni del Collegio contribuirono nuovamente in numero considerevole a ricoprire cariche importanti nel territorio di lingua tedesca, come quella di vescovo o di professore universitario, mentre nel secolo precedente questo fatto costituiva piuttosto un’eccezione. Gli studenti sentivano in modo forte di appartenere a una comunità, e questo è dovuto principalmente a due fattori: al disprezzo, da parte dello Stato tedesco, dei cattolici e degli alunni del Germanico, e al lungo periodo di formazione in Collegio, della durata di sette anni, senza mai tornare in patria.

Il Collegium Germanicum et Hungaricum fu molto abile ad uscire indenne dalle controversie politiche del 1870 (confisca delle proprietà ecclesiastiche nell’Italia unita) e fino al 1945 (agitazione comunista contro la proprietà privata), anche se durante la prima guerra mondiale, dopo l’ingresso in guerra dell’Italia contro le potenze centrali, fu necessario un trasferimento del Collegio in Austria, ad Innsbruck, dal 1915 al 1919. Dopo il 1989, con la caduta dei regimi comunisti nell’Europa dell’Est, iniziò un nuovo periodo nella storia del Collegio, che riacquistò il suo carattere internazionale diventando così forse come mai prima anche Collegium Hungaricum.