A 90-es évek közepén néhány diák magánkezdeményezésének köszönhetően kerültek kapcsolatba protestáns teológus hallgatókkal, akik egy tanévet Rómában töltöttek. Lassan kialakult egy ökumenikus munkacsoport. Ebből konkrét együttműködés alakult ki a Melanchthon Központ és kollégiumunk között.
A havi találkozókat az ökumenikus kör résztvevőinek különböző lakóhelyein tartják. Így különösen a kollégium diákjai megismerkednek a különböző protestáns házakkal Róma városában: a Waldensi Karral, a Melanchthon-központtal és a Christuskirchével. A közösen feldolgozott témák sokfélék: a tudományos-teológiai témáktól a spirituális és filozófiai kérdéseken át a konkrét-pasztorális szempontokig. Ugyancsak érdekes a hitéletről és a konkrét szervezeti struktúrákról folytatott eszmecsere a különböző regionális egyházakban és egyházmegyékben, ahonnan a résztvevők érkeztek.
A Melanchthon Központ akadémiai évfolyamának tagjaiból és a CGU tagjaiból álló ökumenikus beszélgetőcsoport havonta találkozik tematikus eszmecserére.
A “Pontificium Collegium Germanicum et Hungaricum” célkituzése, hogy a papnövendékek szellemi és lelki érettségét, a tudományokban való jártasságát és pasztorális képzettségét elmélyítse és elosegítse.