A 16. század közepén Németországban hiányoztak a teológiailag jól képzett, jámbor papok. Morone bíborosnak sikerült meggyőznie Szent Ignácot és III. Julius pápát, hogy alapítsanak egy “világi papságnak szánt melegágyat”.
Kezdetben a növendékek német földekről kerültek volna ki, de a történelem folyamán a kollégium befogadó területe kibővült és megváltozott. Fontos lépés volt ebben a folyamatban a Collegium Germanicum és Hungaricum egyesítése 1580-ban.
A Collegium Germanicum et Hungaricum vezetését a jezsuita rendre bízták, és a rektoron kívül három atya is a jezsuita közösséghez tartozik. Két horvát apáca is tagja a házközösségnek.